Inzwischen habe ich den nouveau kpl deinstalliert und per Blacklist abgeschaltet. Nouveau kann nicht wirklich Prime sondern KVM, arbeitet also etwas anders und machte zuletzt bei mir einige Probleme. Der Nvidia ist jetzt generell geladen, nouveau per blacklist abgeschaltet. Somit brauchen die modprobe.d und modules-load.d nicht mehr angefasst werden und letztendlich wird nur durch die config in xorg.conf.d das ganze umgeschaltet.
Manjaro bietet im MHWD nun Prime an sehe aber noch nicht was da wirklich geschieht, weshalb ich es demnächst mal installiere.
Mit Wayland wird sich das ganze nochmals ändern, mein Wissendstand ist das Wayland so etwas noch nicht unterstützt.